一般的にお墓はその管理を親族らに委ねるものですが、永代供養墓は設置されている寺院･霊園によって管理が行われるという点が特徴的なものです。管理期間に定めを置く場合はありますが、概ね三十三回忌以降までと非常に長期となっています。その形式や納骨の方式については幅が広く、軸石を納骨棚に安置して合祀とする形式から一般と同様の墓石を安置する形式まで見る事が出来ます。形式によって料金も異なり、数十万～数百万円とかなりの幅があります。

そして料金の計算･支払についても、大きな特徴があります。永代供養墓は、別に定められた若しくは永続的供養を前提として支払う供養料･納骨先へのお布施･墓石や軸石への刻字費用･諸経費といったものの合算で算出され、これらを一式の費用として支払う事になります。従って、継続的な費用支払いの負担が発生しないという利点があります。一般のお墓の永代使用権における滞納に伴う権利取り消しが無い事から、生前であってもその支払いを完結させる事が出来る為、近縁者が既に居ないといった理由で永代供養墓を求めるケースが近年増加しています。

また先々に無縁化する可能性を踏まえ、一般のお墓と共に永代供養墓を購入するケースも見られます。この場合には基本的に一般墓の方に埋葬を行った後に必要な段階で墓石の軸石への再利用･改装を行った上で、永代供養へと移行する事になります。永代供養墓の購入料金自体は、通常よりも格安で設定される事が一般的となっています。